藥學部是醫院重要職能部門之一，技術力量強，設施完善，部門齊全，承擔著醫院藥事、醫療、教學、科研所需的各項藥學專業服務工作。目前黃草、桔山兩個院區設有調劑室、中西藥庫房、臨床藥學室、藥事質控室和中藥煎藥室?，F有藥學專業技術人員69人，具有碩士學位9人；高級技術職稱5人，中級技術職稱26人，臨床藥師6人，建立了合理的人才梯隊。桔山院區的門、急診藥房、住院藥房已配備全自動發藥機和單劑量包藥機，實現了藥品調劑的自動化；臨床藥學室有5名臨床藥師經過規范化培訓獲得國家衛計委臨床藥師資格書，分別在抗感染、呼吸、心內、腫瘤、內分泌、兒科等臨床科室專職從事合理用藥工作；藥事質控室專職從事醫院藥事質量控制工作；中藥煎藥室，擁有2臺現代化煎藥機，能為患者提供方便快捷的煎藥服務；已在桔山院區啟動了靜脈用藥集中調配中心的建設，預計2019年投入使用。

藥學部承擔著全院醫療用藥的采購、供應、特殊藥品和抗菌藥物臨床應用的管理、藥品不良反應的監測和上報、藥事法規及合理用藥知識相關培訓、臨床合理用藥服務、藥師團隊的培養以及實習生、進修生的帶教工作，同時開展醫院藥學相關的科研工作，開展和普及合理用藥宣傳，加強醫院藥學的學科建設和團隊建設，提高醫院藥師隊伍自身的素質，創建并發展了一系列醫院藥學、臨床藥學服務及臨床合理用藥管理模式和體系，形成了自身明顯的優勢和鮮明的特色。以指導臨床安全、合理、有效藥物治療及合理用藥管理為職責，推動了藥學部職能從傳統的藥品供應型向現代化的臨床藥學、藥學監護、藥事質量管理、信息技術服務型轉變，是黔西南州藥事管理質量控制中心，承擔黔西南州藥事質量控制中心日常管理工作，連續多年在州內舉辦藥事管理與合理用藥培訓班。

近年來，藥學部承擔州級課題2項，每年發表期刊論文多篇。目前，學科水平在我州居于領先地位，并在全省有一定的影響力。根據學科建設和醫院發展的需要，科室還在不斷加大對人才的培養和優勢學科的建設，積極加強對外交流，向先進醫院和發達地區學習，不斷提高學科影響力，力爭建設一支高素質的人才隊伍和醫院藥學團隊。